Das Stereomikroskop ist ein Mikroskop, das über zwei getrennte Strahlengänge für beide Augen verfügt. Es es handelt sich um ein Lichtmikroskop, auf dem man das Präparat aus zwei verschieden Blickwinkeln betrachten kann. Dadurch wird das Präparat in einen räumlichen Bildeindruck versetzt. Dies nennt man „Stereo-Effekt“.
Derartige Mikroskope vergrößern üblicherweise unterhalb 100:1, da die Schärfentiefe abnimmt und dies am besten für das räumliche Bild geeignet ist. Im Fachjargon wird es als Binokular oder Stereolupe bezeichnet, weil es über eine zweistufige Vergrößerung verfügt durch das Objektiv und das Okular.
Man beachte, dass das Stereomikroskop nicht mit den binokularen Mikroskop (also einem gewöhnlichen Mikroskop mit zwei Okulareinblicken) zu verwechseln ist: Diese haben zwar einen bequemeren Einblick auf das Präparat, jedoch gibt es nur ein einzelnes Bild wieder, welches durch den Strahlenteiler auf zwei Okulare aufgeteilt wird. Hierdurch wird KEIN 3D-Bild ermöglicht, es verlangsamt lediglich die Ermüdung bei dem Mikroskopieren.
Das Stereoskop wird vor allem in der Biologie, Medizin und in der Zahntechnik eingesetzt, sowie in den der Ultramikrotomen. Die Medizin sorgte für leicht abgewandte Formen des Stereomikroskops: Koloskop in der Gynäkologie und Spaltlampenmikroskop in der Augenheilkunde. Der Nobelpreis von Hans Spemann wäre ihm verwehrt geblieben, wäre das Stereomikroskop nicht erfunden worden.
Die typischen Operationsmikroskope sind geringfügig stärker durch die Zweitbeobachtungseinrichtung. Außerdem haben sie einen größeren freien Arbeitsabstand. Jedoch nicht nur in der BioMedizin, sondern auch in der Geologie, Paläontologie und in der Mineralogie kommen diese Art von Mikroskopen zum Einsatz, welche die Arbeit der Forschung beschleunigen. Es sind also zwei vollständig getrennte Strahlengänge(zwischen 11 und 16 Gradwinkel), welche den 3D-Effekt erzeugen. Dies liegt am entsprechenden Konvergenzwinkel beider Augen bei Nahakkommodation.
Die Objekte werden meist von oben beleuchtet, sofern die Durchlichtbeleuchtung nicht im Stativfuß integriert ist. Die modernen Durchlichteinrichtungen ermöglichen auch eine Dunkelfeldbeleuchtung. Dadurch kann man das Präparat auch über Mischlicht betrachtet werden. Bei entwicklungsphysiologischen Untersuchungen wird oftmals mit UV-Licht gearbeitet. Die Biologie bietet verschiedene austauschbare Stativtypen an, wie zB. Das Freiarmstativ für größere Objekte.
Für die Untersuchung von großflächigen Gesteinsdünnschliffen in der Geologie gibt es aufsetzbare Polarisationsdrehtische mit Analysator, sowie einschiebbaren Hilfsobjekten (Lambda-Plättchen). Den Analysator klemmt man unten vor die Frontlinse des Objektives.